Innerhalb des Teilraumes ist eine markante Hangzonierung festzustellen. Es ist durchgängig eine strukturreichere Oberhangzone von einer flacheren, leichter maschinenbearbeitbaren, strukturärmeren Unterhangzone und Ebene zu unterscheiden. Erstere ist gekennzeichnet durch ein äußerst kleinteiliges Mosaik aus Weingärten, -brachen, ehemaligen Wiesen und Weiden und Obstgärten mit zahlreichen nichtagrarischen Zwischenstrukturen (v.a. flachgründige Böschungen mit zum Teil anstehendem Fels, Trockenrasenflecken, Lesesteinhaufen, -mäuerchen, Hohlwegen, verschiedenste Gehölzsukzessionsstadien, Ostbäume und Waldzungen). Typische faunistische Charakterarten der extensiven Weingarten-Kulturlandschaft sind Heidelerche (häufig!), Neuntöter, Sperbergrasmücke, Schwarzkehlchen, Grauammer, Ortolan (potenziell), Wiedehopf, Smaragdeidechse, Osterluzeifalter, Gottesanbeterin, Weinhähnchen und Italienische Schönschrecke. Historisch gesehen reichte die landwirtschaftliche Nutzung in der oberen Hangzone deutlich höher hinauf. Einerseits gab es mehr Weingärten in diesem Bereich und andererseits extensiv genutztes Weideland.
Jede der Teilflächen und -biotope der Trockenlandschafts-Komplexe hat eine charakteristische Tierwelt, etwa Trockenrasen-Spezialisten unter den Tagfaltern (Blaukernauge, Weißer Waldportier, Fetthennenbläuling), u.v.a.m. oftmals mit nur ganz wenigen oder mit nur einer Raupenfutterpflanzenart und anderer Gruppen, wie die Smaragdeidechse, Rotflügelige Schnarrschrecke, Große Turmschnecke, die häufige Gottesanbeterin und als besondere faunistische Kostbarkeit die Sägeschrecke, eine Bewohnerin der extrem xerothermen und mit einigen niedrigen Büschen bestockten (Halb)trockenrasen (mehrere Fundpunkte zwischen Eichkogel und Pfaffstätten). Einen Spezialfall stellen die Trockenrasen der Perchtoldsdorfer Heide mit ihren Zieselvorkommen und einer außerordentlich artenreichen Heuschrecken- und Tagfalterfauna dar.
Von ganz hervorragender Qualität sind die Lebensraumkomplex in der oberen Hangzone, die v.a. aus Trocken- und Halbtrockenrasen, thermophilen Gebüschen, artenreichen Waldsäumen und lichten Flaum-Eichenwäldern bestehen. Hier findet sich ein überaus großer Artenreichtum, darunter auch die eine oder andere wärmeliebende Tierart, die bisher in Österreich nur hier nachgewiesen werden konnte. Die häufigsten FFH-Lebensraumtypen des Offenlandes sind „6210 Naturnahe Kalk-Trockenrasen und deren Verbuschungsstadien (Festuco-Brometalia)“ sowie „6190 Lückiges pannonisches Grasland (Stipo-Festucetalia pallentis). Erstere sind überwiegend Halbtrockenrasen, die mehr oder weniger stark mit Gehölzen bewachsen und unterschiedlich stark verbracht sind. Halbtrockenrasen besiedeln trockene aber auch relativ tiefgründige Standorte. Sie sind über kalkhaltigem Substrat anzutreffen, zumeist auf Kalk oder Dolomit. Der Halbtrockenrasen ist einer der arten- und orchideenreichsten Lebensraumtypen an der Thermenlinie. Der zweite Typ umfasst die Felssteppen auf harten geologischen Substraten. Zu den typischen Pflanzenarten gehören etwa Federgräser und Zwergsträucher. Die Fels-Trockenrasen stellen einen europaweit geschützten Lebensraumtyp (FFH-Typ 6190) dar. Der größte zusammenhängende Fels-Trockenrasen im Raum Pfaffstätten liegt am Ober- und Mittelhang des Heferlbergs. Deutlich kleinere Fels-Trockenrasen befinden sich am Glaslauterriegel, am Fluxberg, am Leitungstrassenhügel und in der Einöde am Süd- und Südosthang des Pfaffstättner Kogels sowie im gesamten übrigen Abschnitt der Thermelinie.
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